Laboratório Associado 05 - (Embrapa Cenargen)

- Responsável: Patrícia Messenberg Guimarães

- Atividades do Laboratório junto ao INCT                                                                                 Colaboradores

Sequenciar transcriptomas associados à resposta a seca de espécies nativas do Brasil (amendoim silvestre; pitangueira; Clúsia; e cajueiro) por sequenciamento em larga escala.

LA2

Identificar e selecionar in silico genes candidatos relacionados à tolerância à seca de espécies nativas (amendoim silvestre; pitangueira; Clúsia; e cajueiro).

LA2

Identificar InDels e SNPs em genes candidatos de espécies nativas associadas à resposta a seca (amendoim silvestre; pitangueira; e cajueiro).

LA2

Validar in vitro o perfil de expressão dos genes candidatos para tolerância à secos obtidos de espécies nativas do Brasil (amendoim silvestre; pitangueira; Clúsia; e cajueiro).

LA2

Selecionar genes/moléculas vitais para nematoides da galha (Meloidogyne spp.) por análise do seu genoma.

LA6 e LA9

Selecionar potenciais genes envolvidos na resistência a partir de genótipos contrastantes (amendoim; soja; arroz; algodão e café)

LA6 e LA9

Integrar dados do transcritoma de leguminosas (feijão, soja e amendoim) submetidos a déficit hídrico, gerados por sequenciamento massal (Illumina–HiSeq) em projetos anteriores.

LA6 e LA9

Integrar dados do transcritoma de genótipos resistentes (feijão, soja, arroz, café e amendoim) infectadas por nematoides, gerados por sequenciamento massal (Illumina–HiSeq) em projetos anteriores.

LA5 e LA9

Sequenciar e integrar transcritoma de genótipos tolerantes a seca de Musa spp., Arachis spp., e feijão-caupi submetidos a deficit hídrico combinado com estresse biótico (Meloidogyne spp. ou Mycosphaerella) em bioensaios.

LA1 e LA9

Validar a expressão de genes-chave nas vias metabólicas de resposta das plantas a estresses combinados (bióticoxbiótico; bióticoxabiótico; abióticoxabiótico) por qRT-PCR.

LA1, LA3 e LA9

Sequenciar em plataforma Illumina fração de pequenos RNAs, e seus mRNA-alvos, e RNAs circulares de plantas (Arachis; Musa; soja; pitangueira; cajueiro) submetidas a estresses bióticos e/ou abióticos.

LA1, LA2, LA6 e LA9

Analisar dados de sequenciamento para verificar estado de metilação de promotores de genes nas vias metabólicas de interesse.

LA2, LA3, LA6 e LA9

Validar a função de genes de plantas identificados nos IDs 1 e 2 potencialmente envolvidos nos mecanismos de tolerância à seca em plantas de Arabidopsis, arroz ou setária via estratégias de superexpressão ou silenciamento.

LA1, LA2, LA3, LA4 e LA11

Validar a função de genes de plantas identificados no ID 2 potencialmente envolvidos nos mecanismos de resistência a nematoides via estratégias de superexpressão ou silenciamento.

LA9

Validar a função de genes de nematoides potencialmente envolvidos nos mecanismos de parasitismo identificados no ID 1, via estratégias de silenciamento gênico (iRNA) em sistemas-modelo.

LA9

Avaliar o potencial dos ativos biotecnológicos gerados para fins de proteção intelectual.

LA9

Patentear o uso de genes e elementos gênicos validados durante o projeto

LA9

Organizar, manter e compartilhar um banco in vivo dos ativos de inovação obtidos no projeto compartilhado pelos membros do INCT.

Todos os LAs

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- Descrição do Laboratório

O O Laboratório (LA5) - Interação Planta-Praga realiza estudos da interação de plantas com estresses bióticos e abióticos, visando à elucidação das mudanças na maquinaria celular, bioquímica, fisiológica e molecular das plantas, que ocorrem em resposta aos diferentes estresses, combinados ou não. Além da prospecção e identificação de genes, sequências reguladoras e moléculas envolvidas com as respostas de tolerância/resistência de plantas a um ou mais estresses, no LA5 realiza-se a validação de função destes ativos em plantas-modelo e são desenvolvidos e aperfeiçoados métodos para a validação destes ativos em plantas-alvo, o que possibilitará o desenvolvimento de cultivares mais adaptadas a diferentes condições ambientais.

- Linhas de Pesquisa


• Prospecção de genes/moléculas, peptídeos de interesse para o controle da seca e de pragas em germoplama silvestre de amendoim ( Arachis spp.);
• Prospecção de genes/moléculas- alvo em nematoides fitoparasitas (Meloidogyne sp.) de interesse para o controle da praga;

• Prospecção de pequenos RNAs ( small RNAs) em genótipos de plantas resistentes/tolerantes a pragas e a seca que possam estar envolvidos com a respostas a estes estresses;

 Prospecção de genes/moléculas, peptídeos que apresentam eficiência no controle de pragas e tolerância ao déficit hídrico simultaneamente (cross-stress);

• Palidação dos ativos prospectados pela sua  superexpressão ou silenciamento  gênico em plantas-modelo para análise e validação de sua função.

- Infraestrutura

Laboratório

O laboratório LA5 possui todos os equipamentos-padrão necessários para análises moleculares, celulares, genéticas e bioquímicas, além de sistemas de PCR quantitativo e da disponibilidade da plataforma de microscópios (eletrônicos, confocal e dissecção a laser), espectrômetros de massa e servidores com capacidade de análise massal de dados.


Campo

Casas de vegetação e câmaras de crescimento com Certificado de Qualidade em Biossegurança (CQB) para desenvolvimento de atividades com plantas geneticamente modificadas (PGMs).

Nossa Equipe

Patricia Messenberg Guimarães

Possui graduação em Agronomia pela Universidade de Brasília (1985), mestrado em Fitopatologia pela Universidade de Brasília (1987) e doutorado em Biologia Molecular - University of London (1997). Realizou pós-doutorado em genômica de plantas no CIRAD (França) em 2006. Atualmente é colaboradora da Universidade de Brasília (Unb) e Universidade Católica de Brasília (UCB) e pesquisadora da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária desde 1989. As principais áreas de pesquisa incluem Bioquímica, Biologia Molecular, Interação planta-patógeno, e atua principalmente nos seguintes temas: genômica estrutural e funcional de leguminosas, genômica de Arachis, resistência de plantas, tolerância de plantas ao stress hídrico, mapas genéticos, e caracterização molecular de plantas. É coordenadora de vários projetos nacionais e internacionais na área de genética e genômica de leguminosas e interação planta-praga.

Ana Cristina Miranda Brasileiro

Possui graduação em Engenharia Florestal pela Universidade de Brasília (1986), mestrado em Biologia Molecular e Celular Vegetal - Universite de Paris XI (Paris-Sud) (1988) e doutorado em Biologia Molecular e Celular Vegetal - Universite de Paris XI (Paris-Sud) (1992). Atualmente é pesquisador A da Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária. De 2002 a 2006 atuou como pesquisadora do Labex-Europa no Cirad (França). Tem experiência na área de Genética, com ênfase em Genética Vegetal, atuando principalmente nos seguintes temas: transformação genética, biotecnologia vegetal, biologia de Agrobacterium, expressão gênica e genômica. Desde 2006 atua como coordenadora no Brasil do Consórcio Internacional em Biologia Avançada (CIBA), uma iniciativa da Agropolis (França) e Embrapa (Brasil), cujo objetivo é criar e consolidar uma estratégia eficiente de cooperação científica e técnica internacional, para estudar e explorar a diversidade em recursos genéticos de plantas e para identificar importantes genes e características essenciais para os programas de melhoramento genético na agricultura Tropical e Mediterrânea. De 2008 a 2014 participou como membro externo do Conselho Científico do Departamento de Sistemas Biológicos (BIOS) do Cirad/França e desde de 2016 atua como membro externo do Conselho Científico e Estratégico do Cirad/França.

Ana Claudia Guerra de Araújo

A pesquisadora Ana Claudia Guerra de Araujo possui graduação em Biologia pela Universidade de Brasília (1987), doutorado em Ciências Biológicas (Biofísica) pela Universidade Federal do Rio de Janeiro (1994). Desde 1994 é Pesquisadora da Embrapa, no Cenargen, aonde vem trabalhando com a interface entre biologia celular e molecular vegetal no Laboratório de Microscopia. Possui pós-doutorado na Austrália (CSIRO, 2001) onde trabalhou com técnicas moleculares e celulares na reprodução vegetal e na Inglaterra (Universidade de Leicester,2011), onde trabalhou com citogenética molecular vegetal utilizando sempre a ferramenta microscopia. Na Embrapa desenvolve pesquisas na área de reprodução vegetal, por meio de estudos da morfologia, biologia celular e ultraestrutura da biologia do desenvolvimento, envolvendo técnicas de citoquímica, imunocitoquímica, citogenética, hibridização in situ associadas à microscopia. Também está envolvida com estudos sobre a interação planta-patógeno, respostas a estresses bióticos e abióticos e qualidade em Arachis, fatores determinantes para o sucesso de uma agricultura produtiva e sustentável.

Priscila Grynberg

É graduada em Ciências Biológicas pela Universidade Federal de Minas Gerais - UFMG (2004), mestrado em Parasitologia pela UFMG (2007) e doutorado em Bioinformática pela UFMG (2011). Atualmente é Pesquisadora A na Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia - Cenargen. Atua em projetos de pesquisa de análise funcional de dados de expressão gênica e proteômcia diferencial, sequenciamento em larga escala de microRNAs e mineração de dados. Em 2007 foi premiada com a Medalha Samuel Pessoa no XX Congresso Brasileiro de Parasitologia, quando ganhou o primeiro lugar com um trabalho que associou polimorfismos não sinônimos na proteína de membrana apical 1 de Plasmodium vivax (PvAMA-1) com a contagem de plaquetas em pacientes infectados. Faz parte do comitê executivo da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional (AB3C). Tirou licença-maternidade em 2015/2016.

Roberto Coiti Togawa

Possui graduação em Processamento de Dados pela Universidade de Brasília (1984) e doutorado pela University of Bedfordshire (Reino Unido) (2006). Trabalhou vários anos na área de suporte a software básico e desenvolvimento de sistemas. Atualmente é analista de pesquisa A da Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em Linguagens de Programação, atuando principalmente nos seguintes temas: Desenvolvimento de ferramentas de análise de sequencias genomicas, Análise de sequencias de NGS. Desenvolvimento de ferramentas de análise de estruturas de proteínas, Bioinformatica estrutural, Desenvolvimento de ferramentas de predição e análise de Proteinas de Membrana.

André Southernman Teixeira Irsigler

Possui graduação em Ciências Biológicas(2000), Mestrado(2002) e Doutorado(2007) em Genética e Melhoramento pela Universidade Federal de Viçosa, com período sanduíche na North Carolina State University, e Pós-doutorado na Florida State University. É pesquisador na Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, e está envolvido nas áreas de regulação da expressão gênica e biologia do desenvolvimento.

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Doutorado
• Ana Paula Zotta Mota - Lattes
• Andressa da Cunha Quintana Martins - Lattes 

• Eliza Fabricio de Melo Bellard do Nascimento - Lattes 

Mestrado
• Thaís Nicolini de Oliveira - Lattes

• Bruna Medeiros Pereira - Lattes


Graduação / Iniciação Cientifica
• Mario Alfredo de Passos Saraiva - Lattes
• Lays Antunes Teixeira - Lattes

• Iracyara da Conceição Sampaio - Lattes 

Contato

Patricia Messenberg Guimarães


EMBRAPA - Recursos Genéticos e Biotecnologia
Parque Estação Biológica - PqEB 
Av. W5 Norte (final) - CP02372 
70770-917 - Brasília, DF - Brasil 
Email: patricia.guimaraes@embrapa.br 
Phone:+55 61 3448-4787 
Fax:  +55 61 3340-3624

Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia Parque Estação Biológica - PqEB - Av. W5 Norte (final)

Tel: +55 (61) 3448-4705

inctplantstress@gmail.com