AL 02 - Transcrição, Epigenética e Genômica Funcional

Atividades de Laboratório com PlantStress Biotech INCT

Sequenciamento de um genótipo de uma espécie nativa do Brasil (pitangueira).
Sequenciamento de transcriptomas associados à resposta à seca de espécies nativas do Brasil (amendoim silvestre, pitangueira, Clúsia e caju) por sequenciamento em larga escala.
Identificar e selecionar in silico genes candidatos relacionados à tolerância à seca de espécies nativas (amendoim bravo, pitangueira, Clúsia e caju).
Identificar InDels e SNPs em genes candidatos de espécies nativas associadas à resposta à seca (amendoim bravo, pitangueira e caju).
Validar in vitro o perfil de expressão de genes candidatos à tolerância à seca obtidos em espécies nativas do Brasil (amendoim silvestre, pitangueira, Clúsia e caju).
Sequenciar na plataforma Illumina uma fração de RNAs pequenos, e seus mRNAs alvo, e RNAs circulares de plantas (Arachis, Musa, soja, pitangueira e cajueiro) submetidas a estresses bióticos e/ou abióticos.
Analisar os dados de sequenciamento para verificar o estado de metilação de promotores de genes nas vias metabólicas de interesse.
Validar a função de genes vegetais potencialmente envolvidos em mecanismos de tolerância à seca em plantas de Arabidopsis, arroz ou sépia por meio de estratégias de superexpressão ou silenciamento.
Organizar, manter e compartilhar um banco in vivo dos ativos de inovação obtidos no projeto compartilhado pelos membros do INCT.

Descrição do Laboratório

As pesquisa realizadas em nosso laboratório são relacionadas à prospecção e caracterização de genes envolvidos na resposta de plantas a estresses abióticos (seca, salinidade, UV, temperatura, etc). As plantas estudas são: a soja (Glycine max), pitangueira (Eugenia uniflora), cajueiro (Anacardium ocidentale) e as plantas modelo arabidopsis e arroz. Abordagens: sequenciamento NGS de mRNAs e DNA genômico; análises da expressão gênica por RT-qPCR; superexpressão de genes alvo e estudo de efeitos fenotípicos e de tolerância ao estresse; análise de microbioma foliar associada ao estresse.

Linhas de Pesquisa

Resposta de plantas nativas neotropicais e plantas cultivadas a estresses abióticos: seca e salinidade.
Identificação de genes relacionados à adaptação de plantas e tolerância a estresses abióticos.
Caracterização da rede de interação entre microRNAs - circRNAs e mRNAs na regulação da expressão gênica.
Estudo dos mecanismos e quantificação de eventos de edição de mRNA em cloroplastos em resposta a estresses.
Análise do microbioma foliar em resposta a estresses abióticos e do backgroud genético.

Nosso tempo

Rogério Margis

Líder da equipe

Rogerio Margis completou seu doutorado no Institut de Biologie Moleculaire des Plantes, IBMP do CNRS, na Université Louis Pasteur de Strasbourg I, França, em 1993. Em 2002 fez um pós-doutorado relacionado aos processos de interferência de RNA e produção de microRNAs em plantas na indústria de plantas do CSIRO em Canberra, Austrália. Atualmente é pesquisador do CNPq e Professor Titular do Departamento de Biofísica e Centro de Biotecnologia da Universidade Federal do Rio Grande do Sul. Membro titular da Academia Brasileira de Ciências desde 2016. De 1994 a 2003 foi professor adjunto da UFRJ. Na UFRGS, atua como pesquisador do núcleo permanente e orientador nos programas de pós-graduação em Genética e Biologia Molecular (PPGBM) e Biologia Celular e Molecular (PPGBCM). Atualmente participa de projetos de pesquisa relacionados aos temas: processos de interferência de RNA, RNAs pequenos e RNAs não codificantes em arroz, soja e espécies nativas Neotropicais; ação da cisteína proteases e seus inibidores; proteínas relacionadas a estresses abióticos (frio, seca e metais) e estresse oxidativo (APx e GPx). Atua nas áreas de Genética e Bioquímica, com ênfase em Biologia Molecular: regulação da expressão gênica e marcadores moleculares. Em suas atividades profissionais, interagiu com mais de uma centena de colaboradores nacionais e internacionais em projetos e coautoria de trabalhos científicos.

Márcia Pinheiro Margis

Possui graduação em Ciências Biológicas pela Universidade do Estado do Rio de Janeiro (1983), mestrado em Bioquímica pela Universidade Federal do Rio de Janeiro (1987) e doutorado em Biologie Moleculaire Des Plantes - Universite de Strasbourg I - França (1993). Professor Titular do Departamento de Genética da Universidade Federal do Rio Grande do Sul. É membro titular da Academia Brasileira de Ciências. Membro titular do Comitê Consultivo de Genética do CNPq (CA-GE) entre julho de 2011 e junho de 2014. Foi membro da diretoria da Sociedade Brasileira de Genética (SBG), tendo sido primeira tesoureira, primeira secretária, vice-presidente e presidente (2016 a 2018). Membro da CTNBio entre março de 2012 e fevereiro de 2014. Coordenador dos Programas de Pós-Graduação em Genética da Universidade Federal do Rio de Janeiro (2000-2001) e da Universidade Federal do Rio Grande do Sul (2011 a 2015). Editor da revista Genetics and Molecular Biology. Presidente da Federação Internacional de Genética (desde setembro de 2018). Tem experiência na área de Genética, com ênfase em Genética Vegetal, atuando principalmente nos seguintes temas: respostas de defesa de plantas contra estresses abióticos, enzimas do metabolismo antioxidante e genômica funcional de plantas.