AL 06 - Bioinformática
Atividades de Laboratório com PlantStress Biotech INCT
Selecione genes/moléculas vitais para nematóides da galha ( Meloidogyne spp.) analisando seu genoma.
Selecione os genes potenciais envolvidos na resistência de genótipos contrastantes (amendoim, soja, arroz, algodão e café).
Integrar dados de transcriptomas de leguminosas (feijão, soja e amendoim) submetidos a déficit hÃdrico, gerados por sequenciamento de massa (Illumina – HiSeq) em projetos anteriores.
Integrar dados de transcriptomas monocotiledôneos (arroz, milho, trigo, Musa e Sorgo ) submetidos a déficit hÃdrico, gerados por sequenciamento de massa (Illumina – HiSeq) em projetos anteriores.
Integrar dados de transcriptoma de genótipos resistentes (feijão, soja, arroz, café e amendoim) infectados por nematoides, gerados por sequenciamento em massa (Illumina – HiSeq) em projetos anteriores.
Sequenciar na plataforma Illumina uma fração de pequenos RNAs, e seus mRNAs alvos, e RNAs circulares de plantas ( Arachis , Musa, soja, pitangueira e cajueiro) submetidas a estresses bióticos e/ou abióticos.
Analisar dados de sequenciamento para verificar o status de metilação de promotores de genes nas vias metabólicas de interesse.
Organize um banco de dados in silico curado e compartilhado pelos membros do INCT.
Organizar, manter e compartilhar um banco in vivo dos ativos de inovação obtidos no projeto compartilhado pelos membros do INCT.
Nosso tempo
Roberto Coiti Togawa
LÃder da equipe
Possui graduação em Processamento de Dados pela Universidade de BrasÃlia (1984) e doutorado pela University of Bedfordshire (Reino Unido) (2006). Trabalhou por vários anos na área de suporte básico de software e desenvolvimento de sistemas. Atualmente é analista de pesquisa da Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. Tem experiência na área de Ciência da Computação, com ênfase em Linguagens de Programação, atuando principalmente nos seguintes temas: Desenvolvimento de ferramentas de análise de sequências genômicas, Análise de sequências NGS. Desenvolvimento de ferramentas de análise de estruturas de proteÃnas, bioinformática estrutural, Desenvolvimento de ferramentas de predição e análise de ProteÃnas de Membrana.
Priscila Grynberg
Possui graduação em Ciências Biológicas pela Universidade Federal de Minas Gerais - UFMG (2004), mestrado em Parasitologia pela UFMG (2007) e doutorado em Bioinformática pela UFMG (2011). Atualmente é Pesquisadora A da Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia - Cenargen. Atua em projetos de pesquisa de análise funcional de dados de expressão gênica e proteômica diferencial, sequenciamento em larga escala de microRNAs e mineração de dados. Em 2007, foi agraciada com a Medalha Samuel Pessoa no 20º Congresso Brasileiro de Parasitologia, quando conquistou o primeiro lugar com um trabalho que associou polimorfismos não sinônimos na proteÃna 1 da membrana apical de Plasmodium vivax (PvAMA-1) com a contagem de plaquetas em pacientes infectados. Faz parte do comitê executivo da Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional (AB3C).
Contato
Roberto Coiti Togawa
EMBRAPA Recursos Genéticos e Biotecnologia
Avenida W5 Norte (final) - Caixa Postal 02372 - CEP 70770-917 - BrasÃlia, DF - Brasil
E-mail: roberto.togawa@embrapa.br